Rejoice!

Ha. Terwijl de klapper eigenlijk verborgen zit in het artikel:


The apparent ease with which modern DNA can infiltrate ancient remains has led many researchers to doubt even those studies employing the most rigorous methods to weed out contamination by modern genetic material.

[..]

"To take animal studies on cave bears, for example, if we use PCR primers specific for human DNA on cave bear bones, we can retrieve modern human DNA on almost every one. That has made me think: 'how can I trust anything on this'."


Zouden ze dat bij het NFI ook weten? Bij BZK zeker niet...

NFI? BZK?

Oeh, betrapt.

NFI: nederlands forensisch instituut. Daar waar de onderzoekers gebogen over DNA-samples het DNA van de pliesie en de verdachten uitelkaarproberen te trekken.

BZK: binnenlandse zaken, want ik neem aan dat die gaan over het aanleggen van DNA-databanken tbv persoonsidentificatie. Hoewel ik me ook kan voorstellen dat 't eerst nog een partijtje touwtrekken wordt tussen VWS (volksgezondheid) en justitie.

@gronk, dat lijken me nogal verschillende zaken; sensitiviteit om humane sequenties op te pikken versus specificiteit om te zien van wie die sequenties zijn.

Ik dacht wel dat dat een bekend issue was: agenten moeten ook hun eigen DNA inleveren, om dat uit de analyses te kunnen vissen.
En er is ook wel een verschil tussen het zoeken naar een klein restje zeer oud DNA in een poreus bot dat recentelijk door de handen van moderne mensen is gegaan enerzijds, en wangslijm vergelijken met een spermakwakje anderzijds.

@behanger: Je zou toch denken dat, ook al heb je een stuk proeus bot in handen, dat je dan manieren gaat bedenken om DNA daaruit te halen zonder besmetting met menselijk DNA. Handschoentjes aan, boren door dat poreus bot om wat DNA van binnen dat bot op te peuteren, en andere 'most rigorous methods'. En dat lijkt allemaal niet te helpen, ze moet blijkbaar aan de gang met geavanceerdere methodes.

Dat geeft wat mij betreft aan dat je *heel* gemakkelijk contaminatie kunt hebben. Zeg, tot het punt dat d'r gewoon altijd een berg menselijk DNA door de lucht zweeft. Ook van mensen die helemaal niet in de buurt waren. Ik zou daar toch wel graag wat meer onderzoek naar willen zien.

(een van de dingen die het betere wetenschappelijk onderzoek doet is niet alleen kijken of het model werkt, maar ook kijken of het model niet werkt als het niet zou moeten werken..)

Ja, dat onderzoek wil ik ook wel zien. Stel nou dat het blijkt dat wanneer een agent DNA 'veiligstelt' op de plaats van het misdrijf en ook mijn wangslijm afneemt, beide monsters zodanig besmet dat de kans dat er een match op zijn DNA aan mij wordt toegeschreven reëel is.

Een ander onderzoek dat ik wil zien is het empririsch vaststellen hoe groot de kans is dat iemand hetzelfde profiel heeft als ik. Nieuwsbronnen praten elkaar na, en zeggen 1 uit miljoenen, maar ik heb ook wel eens een onderzoek gelezen waaruit bleek dat het 1 uit 600 is, wat meer overeenkomt met de waarneming dat 2 x 2 criminelen in .nl hetzelfde profiel bleken te hebben.

Oei, behanger, als empirisch bepaald moet worden hoeveel mensen hetzelfde profiel als jou gaan opleveren, dan zijn ze wel even bezig.

Heb het wel eens gepost op den goudlul met een klikje naar een pdfje van het NFI hierover.
Er schijnt een uitgebreidere test te bestaan met een paar extra markers zodat de onzekerheid wel op de 1 op 2 miljard ligt (halverwege blz.12)

“..dan zijn ze wel even bezig”
Statistiek.
En houden die testen er dan rekening mee dat mensen best veel op elkaar lijken?

koei=sacamano?

'maar wat matcht er dan' is ook een aardige vraag. Ik vraag me ook af of die statistieken er rekening mee houden dat gencombinaties niet random verdeeld hoeven te zijn, en je kansen dus veel lager uitpakken.

Ik ben bang dat dit het soort onderzoek is waar je pas echt uit gaat komen als je een steekproef neemt ter grootte van je halve populatie ofzoiets. En dat je dan constateert 'erm, met 'ollanders kunnen we uit met 7 markers, A t/m F, en voor chinezen hebben we P t/m S nodig, en kan A.B, en D vervallen want geen variatie of niet aanwezig.'

Maar als PCR zo gevoelig is dat bij het dataverzamelen al een hele plurk extra 'profielen' worden meegenomen, dan is PCR nog veel meer een kwestie van 'kansen', en geen keihard bewijs.

En ik al die tijd maar denken dat U2 een rockgroup was. Blijkt het een haplogroup te zijn.

Neu, koei!=sacamano. Maar hij heeft er idd wel een link naar een rapport gepost.

Uit het linkje van koei: mitochondriaal DNA is dus veel minder specifiek dan genomisch DNA (en dus minder bruikbaar voor forensische doeleinden).
Dat is ook logisch, want het is dus ook minder variabel. Als het eenmaal goed is, is er geen selectiedruk meer, en stagneert de evolutie. Bovendien is er geen sexuele overdracht, dus het mi-DNA systeem is sowieso minder beweeglijk. Daarom is mi-DNA ook geschikt om lange-termijn verschillen en rassenstambomen te maken.
Maar contaminatie is in alle gevallen een risico. Bij wetenschappelijk onderzoek is het iets minder een probleem, want ieder experiment wordt uiteindelijk toch wel een keer herhaald. Bij forensisch onderzoek niet. Bovendien is er dan vaak slechts een monster beschikbaar, en als dat verontreinigd is, verandert een tweede bepaling daar ook niets meer aan.

Bij wetenschappelijk onderzoek is het iets minder een probleem, want ieder experiment wordt uiteindelijk toch wel een keer herhaald.

D'r zijn analyses die aio's en studenten -tig keer uitvoeren voor ze 't trucje in de vingers hebben. Een half jaar werk wordt rustig omschreven als 'after careful isolation of p3Bla activity was found according to standard methods x, y and z. '

Dat het eerst 19 keer fout ging en een keer goed, da's andere koek.

Ik bedoelde maar te zeggen: als ik in het gerenomeerde Internatial Journal of Obfuscation zou publiceren dat ik Strontium uit negersmegma heb geisoleerd, dan gaan tal van onderzoeksgroepen over de hele wereld dat proberen na te doen. Of niet natuurlijk.
En als het dan niet reproduceerbaar blijkt, dan komt dat wel aan het licht. Forensics heeft meer een N=1 karakter.

Volgens mij hebben we last van violent agreement enzo.

nope koei ne pas sacamano. why btw?
als je empirisch wil bepalen of er andere mensen met hetzelfde profiel rondlopen, moet je iederen testen. Als je statistiek wil gebruiken, dan wil je weten hoe onverwacht je uitslag is.

Lees het pdfje, behanger. Natuurlijk lijken mensen qua sequentie op elkaar, dus zoeken ze gebieden waarin zgn repeats zitten. Dus een stuk genoom waar bv gatcCACACACAgggtc zit. Een goede marker houdt in dat er in individuen verschillende aantallen van die CA-repeat zit. Dus ipv 5xCA in het voorbeeld ineens 14 CA in een ander persoon.

En als ik het goed begrijp - ik werk niet bij het NFI, zit in het kankeronderzoek - vergelijken ze het DNA wat bij de misdaad gevonden is met een sample van de verdachte. Dus er zijn in ieder geval 2 proeven nodig.

Ten slotte; mitochondriaal DNA wordt alleen gebruikt als er geen DNA aanwezig is. In geval van sperma zit er niet eens mitochondrien in.